El mismo Señor iba preparando providencialmente la hora decisiva, el 4 de Mayo de 1897, las huestes antirreligiosas de la revolución liberal en la ciudad de Riobamba, profanan sacrílegamente la Santísima Eucaristía, en el templo de San Felipe de los Padres Jesuitas y asesinan al Padre Rector Emilio Moscoso. Tan horrendos sacrilegios y profanaciones, conmovieron profundamente el espíritu de la señorita Rosa Elena Cornejo que estaba dispuesta a hacer todo lo que el Señor le inspirare o le pidiere, para repararlos y la voz de Dios le llegó por el Padre Director de la Tercera Orden de San Francisco y por su Confesor que le pedía la constitución de una Congregación dedicada a la Reparación en desagravio de los ultrajes y ofensas de que había sido objeto en el Augusto Sacramento de la Eucaristía.

Un mes más tarde de estos sacrilegios, Rosa Elena Cornejo, con sus compañeras deciden emprender la fundación de una nueva Congregación de Religiosas en la antigua Recoleta de San Diego. Arduos fueron los comienzos de la anhelada fundación que pusieron a prueba su fe y decisión y en la que flaquearon casi todas, excepto Rosa Elena Cornejo a quien el Señor la sostenía con una fe evangélica, capaz de trasladar de un lugar a otro las mismas montañas. Después de cuatro años de haber perseverado en su propósito de consagrarse por entero a la Adoración y Reparación de Jesús Crucificado y profanado en la Eucaristía, el 2 de Junio de 1901, con la autorización del Excelentísimo Señor Arzobispo de Quito, Mons. Pedro Rafael González Calisto y el Padre Ministro Provincial de Franciscanos, se erigió, por fin, canónicamente el Noviciado de la nueva Congregación optando como norma de vida unas primeras Constituciones escritas con el asesoramiento del Padre Antonio Argelich ofm. y aprobadas por el mismo Señor Arzobispo. Desde esa fecha, a la Señorita Rosa Elena Cornejo se le reconocería con el franciscano nombre de María Francisca de las Llagas, quien como Francisco de Asís cifraría toda su aspiración en vivir el evangelio sin glosa, siguiendo al Señor Jesucristo en pobreza, castidad y obediencia, abrazándose con su cruz cada día en actitud de adoración y reparación.