Señalan nuestras Constituciones sobre el fin particular del Instituto, la educación de las niñas pobres, por lo que inmediatamente en octubre de 1903 se abrió la primera Escuela en el Convento de San Diego. De esta manera el carisma reparador propio de la Congregación apareció desde el primer momento apostólico y evangelizador, como una respuesta urgente de la más encendida caridad cristiana ante la grave situación de la Iglesia que se encontraba perseguida, profanado el santuario, escarnecido el sacerdocio, violado el carácter religioso y sacramental del matrimonio y la familia, legalizado el divorcio, laicizada la educación de la niñez y juventud. María Francisca de las Llagas sentía en su corazón ávido de adorar y reparar al Santísimo Señor Jesucristo en todas las iglesias del mundo, las urgencias de su caridad ardiente y, muchas veces, mientras de rodillas y con los ojos fijos en el sagrario de San Diego musitaba la franciscana oración "Adorámoste Santísimo Señor Jesucristo aquí y en todas las iglesias del mundo y te bendecimos porque por tu santa cruz redimiste al mundo" (S. Francisco, Tes.) se habrá imaginado oír las mismas palabras que San Francisco escuchara en San Damián: "repara mi iglesia"... La Iglesia que iba destruyéndose en Ecuador, la república del Sagrado Corazón de Jesús, y que era preciso reconstruirla con la educación cristiana, prohibida y desterrada de los centros educativos oficiales.

Los Padres Franciscanos habían establecido en el convento de San Diego los Ejercicios Espirituales y la Congregación de María Francisca de las Llagas tomó a su cargo la atención de los ejercitantes. Más adelante, la Misión que los Franciscanos establecieran en la provincia de Zamora Chinchipe, del Oriente Ecuatoriano ofreció al Instituto la oportunidad de colaborar directamente en los trabajos misionales y de evangelización entre los pueblos. De esta manera se fue ampliando el ámbito apostólico del Instituto y definiéndose los ministerios con los cuales las religiosas contribuyen al advenimiento del reino de Dios y servicio de la Iglesia, Cuerpo Místico de Cristo, en espíritu de adoración y reparación.